高斯

内容

概述

高斯是一种分子化学建模包开放“gaussian-group”授权组的成员。高斯是可用的CPU,基于gpu的建立在玛蒂尔达。

本文简要提供指导使用高斯的CPU和GPU功能。

高斯CPU

可以通过以下高斯CPU-based安装玛蒂尔达HPC模块系统:

  • 高斯/ g16-B01
  • 高斯/ g16-C01

有两个(2)地方CPU数量应该specfied:在你输入文件”链接0”命令,并在你的工作脚本。请确保你的工作脚本中指定的cpu数量匹配数量0命令中指定链接。例如,在你的输入文件:

% mem = 100 gbCPU = % 0-39

上面的链接0命令指定了一个cpu使用的范围;在这里,总共40(例如在一个计算节点),和100 gb RAM。cpu也可以在列表中指定的格式。例如:

% mem = 100 gb% CPU = 0, 1, 2, 3, 4, 5

在上面的案例中,我们指定处理器0,1,2,3,4,5 (6)。

我们的工作脚本的第一个例子可能类似于以下几点:

# = = = = = = =示例作业脚本# ! / bin / bash# SBATCH——作业名= myGaussian= 1 # SBATCH——节点# SBATCH——ntasks-per-node = 1# SBATCH——cpus-per-task = 40# = 1-00:00:00 SBATCH——时间# SBATCH——mem = 100 gb模块加载高斯/ g16-C01十六国集团myGaussRun.com

请注意,高斯不能玛蒂尔达在MPI(多节点)运行模式。这需要包“琳达9”,我们所做的不是自己的也没有许可证。

高斯GPU

高斯GPU必须运行在GPU玛蒂尔达的一个节点,这是通过指定GPU资源在工作中使用的脚本。高斯GPU目前的版本是:

  • 高斯/ g16-C01-gpu

再次,CPU和GPU之间的请求输入文件和工作脚本应该对齐。还建议指定特定的cpu应该控制哪些gpu。这是用一个链接0命令输入文件:

% mem = 100 gbCPU = % 0 - 3% GpuCpu = 0, 1, 2, 3 = 0, 2, 1, 3

在本例中,我们指定cpu 0 - 3, gpu 0, 1, 2, 3。gpu 0、1、2、3由cpu控制0,2,1,3,分别。你可能注意到不寻常的命令控制cpu与gpu的。这与CPU-GPU亲和力。一般在玛蒂尔达的GPU节点,GPU为偶数cpu 0和1有亲和力,cpu和GPU 2和3奇数,因此上面所示的命令。请注意,玛蒂尔达GPU节点每个节点最多4 GPU。

我们的工作上面的示例脚本将看起来像下面的:

# = = = = = = =示例作业脚本# ! / bin / bash-login# SBATCH——作业名= myGaussian= 1 # SBATCH——节点# SBATCH——ntasks-per-node = 1# SBATCH——cpus-per-task = 4# SBATCH——格蕾丝= gpu: 4# = 1-00:00:00 SBATCH——时间# SBATCH——mem = 100 gb模块加载高斯/ g16-C01-gpu十六国集团myGausRun.com

更多的信息

在运行高斯的更多信息,请参考以下:

CategoryHPC