Conda

内容

概述

Conda是一个开源的包管理系统和环境管理系统安装多个版本的软件包和它们的依赖项和它们之间轻松切换。与玛蒂尔达HPC模块系统,Conda创建定制个性化的环境有时不兼容包,并肩共存,可以激活“环境”的用户。

为了方便使用Conda用户,我们已经安装了miniconda3模块系统的一部分。Conda可以利用用户加载模块:

模块加载miniconda3

软件发布Conda-only分布不能很容易移植到HPC模块系统。在这些情况下,用户应该使用miniconda3 modulefile准备和构建自己的定制环境。本文涵盖了使用Conda的一些亮点。

创建一个Conda环境

使用“conda创建”命令来创建一个环境。环境通常是存储在“。conda / env”文件夹内用户的主目录。Conda环境可以位于其他位置使用”——prefix = /道路/ /环境”旗帜。

例如,要创建一个环境称为“test_env”“/项目/ myproject”目录下我们可能使用类似如下:

模块加载miniconda3conda创建——名称test_env python = 3.8——prefix = /项目/ myproject的

上面的命令将创建环境“test_env”作为python 3.8分布目录“/项目/ myproject的”。

激活环境

源的方法

激活我们的Conda环境中,我们可以使用下面的方法(目前考虑弃用):

模块加载miniconda3源激活test_env

这将我们在虚拟环境中,如果我们希望我们现在可以安装包:

conda安装numpy scipy matplotlib

禁用环境:

源关闭

Conda激活方法

另外,我们可以使用新的“conda激活”的方法,但这需要conda至少进行一次初始化:

模块加载miniconda3conda initconda激活test_env

通过发行“conda init命令我们的~ /。bashrc文件(公司将更名为初始化conda环境。这将是在每次登录时加载。

另一种改变~ /。bashrc文件是剔除行(增加“conda init”放在一个单独的文件:例如“conda.sh”。然后初始化登录后我们的环境:

源~ / conda.sh

禁用环境:

conda禁用

管理可用的环境

我们可以得到一个可用的列表Conda环境使用以下”

conda信息- env

同样的,我们可以通过使用:永久删除一个环境

conda删除——名字test_env——所有

软件开发人员有时会提供一个“YAML文件为应用程序创建一个定制的环境。这些文件的文件扩展名* .yml。这些可以用来创建一个Conda环境如下:

conda env创建- f myapp-linux.yml

YAML文件包含的信息环境Conda软件渠道使用和包,应该安装环境。

Conda渠道

社区支持软件渠道可以导入Conda和用于安装各种各样的包。例子包括bioconda conda-forge。用户可以指定要使用的渠道环境创建期间:

conda创建- n test_env conda-forge频道,频道bioconda < pkg安装>

我们可以按照渠道规范安装包的列表。

管理Conda环境位置

默认情况下,Conda将~ /安装环境下”。conda / env”目录。Conda包可以占用不少空间,并储存在“~ / .conda / pkg”。你可以安装一个Conda环境到另一个位置使用”——前缀“国旗:

conda env创建——前缀/项目/ myprojspace / someuser - f myapp-linux.yml

然而,请注意,在一个非默认位置安装一个环境意味着你必须指定完整的路径,当激活环境。例如:

conda激活/项目/ myprojspace / someuser / myapp

你可以改变默认位置Conda包通过创建一个”。condarc”文件。这已经不是填满您的主目录的优势空间包——这是一种常见的发生。.condarc文件可能类似于以下:

pkgs_dirs:——/项目/ projspace / someuser / conda /包裹渠道:——bioconda——conda-forge——默认值

.condarc文件放置在您的主目录的根源。如果您已经使用和初始化Conda, .condarc文件应该已经存在。使用一个文本编辑器来修改文件。

更多的信息

本文档只提供基本的指导Conda的一些特性。要了解更多信息,您可以参考一些额外的资源:

CategoryHPC