使用AlphaFold玛蒂尔达

概述

AlphaFold是一种蛋白质结构预测方案,最初被开发为一个码头工人实现。因为集装箱码头工人不允许在玛蒂尔达,AlphaFold重新作为一个标准的模块加载应用程序。虽然已经尽一切努力来测试AlphaFold的功能在这个配置中,我们不能保证程序的操作将在所有情况下都没有错误。

基本指令

请使用AlphaFold加载modulefile:

模块加载AlphaFold

这都将加载路径和外部应用程序需要运行AlphaFold。

接下来,请不要执行run_alphafold。py脚本直接在AlphaFold网站上。相反,使用以下:

run_alphafold。sh <参数>

数据库

的数据库AlphaFold已经下载并放置在主安装目录。这些数据库的路径是由环境变量(设置在模块的加载)“ALPHAFOLD_DATA美元”。请参考这个环境变量引用数据库时,如下所示:

run_alphafold。sh - d $ ALPHAFOLD_DATA <参数>

图形处理功能

AlphaFold GPU的能力,因此可以运行在GPU上的节点通过指定你的工作脚本的“格蕾丝”参数。例如:

# SBATCH格蕾丝= gpu: 4

测试表明,AlphaFold可以使用GPU的最大数量的玛蒂尔达GPU节点(4),事实上,将尝试使用所有的GPU。这可能大大提高程序的性能。

然而,当制作你的工作脚本,请使用“格蕾丝= gpu: 4”或”——独家”标记,确保你有整个gpu AlphaFold节点,因为它是试图利用gpu的不加选择的,并可能撞上一个已经运行在该节点的过程。这不会影响正在运行的工作,但将导致AlphaFold失败。

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CategoryHPC